上古时代，宇宙洪荒，天地初定，神、人、妖、兽并存于世。为了争夺霸主之位，乃至法力无边的神器、兵器，各方争战不休，神州大地狼烟遍地，强大者无序可制，弱小者则终日惶惶。
终有神帝横空出世，以无上神力德服各方，以悲悯之心善待天下，囚乱世妖王“魔魄”于洛氏山顶，以悯歌咒封印，并以极阴之气以蔽之。终令征战终结，世间太平，百姓遂得以休养生息达数百年。
然神帝为了滋养世人，以身试药，遍尝百草后，终于百毒齐发，不治而亡。天下随之群雄并起，自立为王者达十六人。十六国间争战不休，各大小势力或屈服，或攀附，手无寸铁之百姓再想过一日安宁生活而不得。
坊间秘传，神帝临终之时曾留下预言：有卓之士，苍山而战。平定天下，五百年终。玄阴不出，至阳不生。
十五年后，被传为神帝转世的神秘少年卓牧云手持上古神器竹音清玉笛，约战十六国主于苍山之巅，以一己之力，连败十六国高手四十七人。恩威并施之下，十六国共推卓牧云为新一代神帝，又称新帝，在苍山三生石旁立下誓约，新帝在世之日，永不再动兵戈。十六国自削国号，改称云属十六州，国主自降为州主。
卓牧云既为新帝，遂制定法典，约束强权，广施仁政，善待百姓，数年之内，天下归心。
时光荏苒，转眼又是五百年岁月沧桑。不知何时，神州大地开始渐渐流传起神帝当年预言所说的“平定天下，五百年终”。越来越多知晓往事的人开始思考这样的事实：既然之前的预言已经应验，那是不是说，新帝卓牧云带来的天下太平，如今又要被重新终结。而所谓的玄阴和至阳，指的又是什么呢？
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